实验室定位和研究团队：植物分子生理学重点实验室面向国家农业可持续发展的重大需求和植物科学的前沿问题，利用分子遗传学、生理学、蛋白组学和代谢组学等手段，系统研究细胞分化、器官发生、逆境适应的分子机理，从基因、细胞、组织和个体层面揭示其内在调控规律，解析信号转导和代谢调控网络，为提高农作物的产量和营养品质提供知识和技术支持。目前，设置细胞分化与器官发生（6个研究组），种子发育与种质创新（5个研究组），环境适应与分子设计（6个研究组）三个研究领域，成熟的研究组17个，建设中研究组3个。
人才队伍：固定人员113人、博士后2人、研究生189人。新入职研究员3人、副研27人、助研28人；退休2人。4人BR候选；4青促会候选；1人获院长奖；4人获国家奖学金；郭晓玉、闫慧丽和何雨晴三位博士入选吴征镒新锐奖；种康院士获得北京市优秀教师奖、景海春研究员获朱李月华优秀教师奖和李佩优秀教师奖；实验室2025年度通过引进人才入职研究员3人（厉新民、陈亮亮、宣伟）。
项目申请：2025年在研科学院项目18项，基金委项目47项（其中3个重点、24个面上），科技部项目/课题22个，农业部项目/课题3个，2025年留所经费共计8305.6万元。
科研产出：2025年，在Nature Communications，Plant Cell，Developmental Cell，New Phytologist等国际主流学术期刊上发表30余篇论文， 取得了重要进展；其中影响因子大于5的论文27篇。中科羊草8号通过品种审定，新获授权专利60项，新申请专利24项。
学术交流：重点实验室举办系列青年学术研讨会，分别设定副研优秀报告奖和博士后优秀报告奖；共举办“植物生物学论坛”系列讲座3期；举办“PMP青年学术论坛”系列讲座8期。
科普宣传：重点实验室积极配合科学日、科普日、科学节活动，策划组织“育种加速器参观”等8个版块内容；重点实验室网站调整更新，进一步凝练团队方向，发表科普文、科普报告，并多形式参与科普活动。
研究生管理：2025年，招收硕士研究生28人（含少干1人），博士研究生10人；毕业研究生37人，其中博士19人，硕士18人；4人获得国家奖学金、1人获得院长优秀奖；夏令营活动193人报名，采取线上+线下形式活动；选举产生了第十二届研究生会，举办了新春联欢晚会等活动。
实验室安全管理：每月1次实验室例行安全检查、排除安全隐患；配合研究所进行节前及日常安全检查；组织实验室成员参加野外安全培训、新成员培训（所级和重点实验室）；安排管理人员参加夏季防汛值班；签订安全责任书。
基地及平台管理：
基地：香山育种基地总占地面积约130亩，已投入使用100亩，其中有水田29亩、旱田60亩；海南陵水基地用地约100亩，实行区块化管理，租赁科研设施楼930平方米，用于住宿、实验、种子储藏等；香山基地与北京三益中农科技有限公司签署协议，托管基地运行管理（2025.1.1-2026.12.31)；香山基地承担先导研制1036平米功能性数码农场与基地完善项目顺利验收(总经费205万元；用地率：旱地100%、水田88%)；海南基地与广陵农业科技有限公司公司签署协议(实验地：2015.8.1-2027.7.31；设施楼： 2016.9.1-2027.7.31)；海南基地顺利完成承担的先导“种子精准设计与创造”任务（项目总经费73万元）。
平台：现有50万以上的大型设备18台（套），设备总值5000余万。按功能分为三个平台：植物蛋白质组学研究、植物代谢组学研究、植物细胞生物学研究3个平台，共有7位主管，其中5位博士，2位硕士，目前共有三位高级工程师；1位特聘岗。2025年平均机时1839小时，总收入220.32万元；专署名文章1篇，致谢文章70余篇；在研项目：功能开发项目2项；不断完善平台建设：本年度完成了改善科研条件专项2025-2027年规划，并完成了2026年仪器申报工作；采购并安装完成了杜马斯定氮仪，用于样品N或蛋白质含量的快速测定；通过两重项目采购的元素分析仪、激光粒度仪、高通量智能化分子标记文库构建实验室、饲草分子标记检测前处理工作站和微量热泳动仪设备正在陆续到货中，安装完成后将大力提升种植物营养品质及代谢通路分析能力。支持大型仪器维修国产替代，采用可靠的国产维修代替原厂维修，节约维修经费13.2万元，并解决了部分老旧设备原厂已拒绝维修的问题，有效延长了大型仪器设备的使用寿命；为植物所在2025年大型科研仪器开放共享评价考核结果为“优秀”做出了重要贡献。
党建工作：重点实验室充分发挥支部战斗堡垒作用，积极促进党建工作与业务工作有机结合；支部书记讲党课，学习贯彻党的二十届四中全会精神等；弘扬科学家精神，组织青年科学家报告、青年技术交流会等；积极开展红色教育学习，支部党员赴红色教育基地实践学习；积极发展优秀青年科学家加入党组织：发挥党员先锋模范作用：第一、三党支部获 “四强”党支部和植物所优秀党支部，第二党支部获“四强”党支部；1人获中央与国家机关“四好”党员；2人获植物所优秀党务工作者。